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Semester | Frühjahrsemester 2018 |
Angebotsmuster | Jedes Frühjahrsem. |
Dozierende |
Lukas Burger (lukas.burger@unibas.ch)
Sarah Carl (sarah.carl@unibas.ch) Florian Geier (florian.geier@unibas.ch) Robert Ivanek (robert.ivanek@unibas.ch, BeurteilerIn) Julien Roux (julien.roux@unibas.ch) Michael Stadler (michael.stadler@unibas.ch) |
Inhalt | The R/Bioconductor framework is the most widely used analysis tool for sequence based bioinformatics. The lecture gives an overview of typical Bioconductor based analysis pipelines including: - Microarray and NGS data processing - Differential gene expression analysis - Working with sequence and annotation packages - Programmatic access to public databases - Visualization of genomic data Each lecture is organized around one analysis question using publicly available data. It consist of 1 hour lecture and 1 hour hands on practical. Participants should bring along their laptops. Basic R knowledge is of an advantage. |
Bemerkungen | Each session consists of 1 hour lecture and 1 hour computer exercise. Participants should bring along their laptops. Lecture with Papasaikas Panagiotis and Atul Sethi. |
Weblink | Graduate Teaching Program |
Teilnahmebedingungen | Maximal number of participants: 60. Prerequisite: Successful participation in the course “Introduction to R (48662-01)” or comparable knowledge of R. Those who are not registered in MOnA (i.e. PostDocs) please send an email to robert.ivanek@unibas.ch directly to apply for the course. In case of more applicants we will give preference to students from DBM and FMI and PhD students. Please apply by January 21, 2018. The applications will be evaluated and accepted participants will be contacted by February 2, 2018. |
Unterrichtssprache | Englisch |
Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
HörerInnen willkommen |
Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
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Keine Einzeltermine verfügbar, bitte informieren Sie sich direkt bei den Dozierenden.
Module |
Cycle E: Computational and Systems Biology (Master Molekularbiologie) Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach: Biochemie) Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach: Biophysik) Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach: Computational Biology) Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach: Genetik) Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Mikrobiologie) Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Molekularbiologie) Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Neurobiologie) Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Pharmakologie) Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Strukturbiologie) Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Zellbiologie) |
Leistungsüberprüfung | Lehrveranst.-begleitend |
Hinweise zur Leistungsüberprüfung | Students need to attend 80% of the course. Only 2 sessions can be missed. |
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung | Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren |
Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
Skala | Pass / Fail |
Wiederholtes Belegen | beliebig wiederholbar |
Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
Anbietende Organisationseinheit | Departement Biozentrum |