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45249-01 - Vorlesung mit Übungen: Introduction to Python Programming for Structural & Quantitative Biology and Image Processing 1 KP

Semester Herbstsemester 2019
Angebotsmuster Jedes Herbstsemester
Dozierende Timm Maier (timm.maier@unibas.ch, BeurteilerIn)
Adam Mazur (adam.mazur@unibas.ch)
Michael Podvinec (michael.podvinec@unibas.ch)
Inhalt Day 1: Analysis of structural and biophysical data with Python. Numerical Python modules: NumPy, SciPy, Pandas.
Data visualization: Matplotlib
Day 2: Working with protein structures and sequences: Biopython, OpenStructure and PyMOL
Day 3: Practical session, ideally with application to participants' research projects

The course will cover the essentials of practical Python programming for structural biology. It is designed for PhD and MSc students who already have basic knowledge in Python programming and would like to learn how to enhance their skills to solve realistic cases in the field of structural biology. The focus will be put on acquiring practical knowledge about Python modules relevant to structural biology, numerical analysis and visualization. The course days consist of an introductory presentation on the basic concepts and best practices, followed by practical exercises, during which participants can apply the acquired skills.
Literatur https://adam.unibas.ch/login.php
Weblink Graduate Teaching Program

 

Teilnahmebedingungen Prerequisites: basic experience in Python programming
(e.g. course E7: Programming for Life Sciences 43513)
The course must be fully attended, otherwise the CPs can not be awarded.
Anmeldung zur Lehrveranstaltung Angelika Klarer
Klingelbergstrasse 70
4056 Basel
angie.klarer@unibas.ch
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall Block
Datum 16.09.2019 – 20.12.2019
Zeit Siehe Detailangaben

Keine Einzeltermine verfügbar, bitte informieren Sie sich direkt bei den Dozierenden.

Module Cycle I: Practical and Experimental Skills (Masterstudium: Molekularbiologie)
Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach Biochemie)
Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach Biophysik)
Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach Computational Biology)
Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach Genetik)
Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Mikrobiologie)
Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Molekularbiologie)
Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Neurobiologie)
Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach Pharmakologie)
Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Strukturbiologie)
Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Zellbiologie)
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala Pass / Fail
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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