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43513-01 - Praktikum: Programming for Life Sciences 4 KP

Semester Herbstsemester 2020
Angebotsmuster Jedes Herbstsemester
Dozierende Geoffrey Fucile (geoffrey.fucile@unibas.ch)
Alexander Kanitz (alexander.kanitz@unibas.ch)
Torsten Schwede (torsten.schwede@unibas.ch)
Mihaela Zavolan (mihaela.zavolan@unibas.ch, BeurteilerIn)
Inhalt Together with new measurement technologies, the use of computational and mathematical approaches that exploit modern information technology in the study of biological systems have brought about a deep transformation in the practice of molecular biology research. This course aims to train the students into the proficient use of programming in analyzing data derived from projects in life sciences. The format of the course includes 2 hour lectures, in which notions of software design and engineering will be discussed, and programming projects, done both in groups as well as individually. Group projects will come from various areas of life sciences (e.g. gene expression modeling and analysis, machine learning for sequence analysis, image analysis) and individual projects from the students’ areas of interest. The primary programming language is Python, a language broadly used in life sciences applications, but examples from other commonly used languages such as R and Matlab may also be included.
Lernziele By the end of the course, students should be comfortable with accessing and analyzing a wide variety of biological data. Concepts such as reproducibility, modularity, interoperability, and scalability will be emphasised.
Bemerkungen Course registration is limited to 15 students. In the case of over-subscription to the course, selection will be based on the suitability of participants.
Weblink Graduate Teaching Program


Teilnahmebedingungen Basic knowledge of computing systems, programming languages and algorithms are required. The course is focused on the widely used Python programming language in a UNIX context. Students should be comfortable with the material covered in basic tutorials in these languages, for example:


Students will require a sciCORE account, which can be requested with an email to scicore-admin@unibas.ch (please indicate the PI of your lab group).
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz


Intervall wöchentlich
Datum 16.09.2020 – 16.12.2020
Zeit Mittwoch, 10.15-12.00 - Online Präsenz -
Datum Zeit Raum
Mittwoch 16.09.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 23.09.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 30.09.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 07.10.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 14.10.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 21.10.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 28.10.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 04.11.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 11.11.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 18.11.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 25.11.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 02.12.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 09.12.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Mittwoch 16.12.2020 10.15-12.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Module Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie)
Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach Biochemie)
Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach Biophysik)
Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach Computational Biology)
Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach Genetik)
Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Mikrobiologie)
Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Molekularbiologie)
Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Neurobiologie)
Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach Pharmakologie)
Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Strukturbiologie)
Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Zellbiologie)
Modul: Vertiefungsfach Molekularbiologie (Masterstudium: Nanowissenschaften)
Vertiefungsfächer Theorie und Vertiefungsfächer Biologie (Masterstudium: Computational Biology and Bioinformatics)
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Students must attend at least 80% of the sessions and actively contribute to discussion. Each student will develop, execute, and report the results of an independent project related to the computational methods discussed during the course. Ideally, students will develop their independent project around data from their own research.
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala Pass / Fail
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum