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27247-01 - Vorlesung: Computational Biology II: Sequence Modeling and Analysis 4 KP

Semester Frühjahrsemester 2018
Angebotsmuster Jedes Frühjahrsem.
Dozierende Mihaela Zavolan (mihaela.zavolan@unibas.ch, BeurteilerIn)
Inhalt The course introduces fundamental concepts and algorithms in bioinformatics. More specifically, it covers the following topics:
• Evolution: definitions, mathematical models describing evolution of large and small populations.
• Phylogeny: reconstructing the evolutionary relationships between species based on their genomic sequences.
• Sequence alignments: the pairwise and multiple sequence alignment problems.
• Functional annotation: Finding genes and regulatory sequences in the genome.
• Describing relationships between protein sequences: Hidden Markov models of protein domains
• Functional RNAs: RNA secondary structure and annotation of functional RNAs
• Gene expression analysis: Inferring the relative abundance of RNA molecules from RNA sequencing data
Lernziele Students learn about the basic problem domain of bioinformatics as well as a wide range of algorithms for sequence analysis. They will learn about the commonly used languages of bioinformatics (mostly Python) and will implement basic bioinformatics algorithms.

 

Teilnahmebedingungen First year courses must be accomplished.
Mathematical background is needed in calculus, linear algrebra, diffential equations. Knowledge about discrete mathematics, stochastic processes and fundamental computer science algorithms is a plus.
Basic programming skills and basic understanding in physics, chemistry and molecular biology (cells, DNA, RNA, proteins, etc.) is necessary.
Unterrichtssprache Englisch
Weblink https://adam.unibas.ch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall wöchentlich
Datum 01.03.2018 – 31.05.2018
Zeit Donnerstag, 13.15-15.00 Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Datum Zeit Raum
Donnerstag 01.03.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 08.03.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 15.03.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 22.03.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 29.03.2018 13.15-15.00 Uhr Ostern
Donnerstag 05.04.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 12.04.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 19.04.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 26.04.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 03.05.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 10.05.2018 13.15-15.00 Uhr Auffahrt
Donnerstag 17.05.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 24.05.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Donnerstag 31.05.2018 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Sitzungszimmer 106
Module Modul Applications and Related Topics (Bachelor Computer Science)
Modul Computational Biology (Bachelor Computational Sciences) (Pflicht)
Modul Computational Chemistry (Bachelor Computational Sciences)
Modul Computational Physics (Bachelor Computational Sciences)
Modul Computational Sciences II (Bachelor Computational Sciences)
Vertiefungsmodul Bioinformatik (Bachelor Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2010)) (Pflicht)
Vertiefungsmodul Computational Intelligence (Bachelor Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2016))
Vertiefungsmodul Computer Science (Bachelor Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2010))
Vertiefungsmodul Life Science-Informatik (Bachelor Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2016))
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Written exam and exercises
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala 1-6 0,5
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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