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27247-01 - Vorlesung: Computational Biology II: Sequence Modeling and Analysis 4 KP

Semester Frühjahrsemester 2019
Angebotsmuster Jedes Frühjahrsem.
Dozierende Mihaela Zavolan (mihaela.zavolan@unibas.ch, BeurteilerIn)
Inhalt The course introduces fundamental concepts and algorithms in bioinformatics. More specifically, it covers the following topics:
• Evolution: definitions, mathematical models describing evolution of large and small populations.
• Phylogeny: reconstructing the evolutionary relationships between species based on their genomic sequences.
• Sequence alignments: the pairwise and multiple sequence alignment problems.
• Functional annotation: Finding genes and regulatory sequences in the genome.
• Describing relationships between protein sequences: Hidden Markov models of protein domains
• Functional RNAs: RNA secondary structure and annotation of functional RNAs
• Gene expression analysis: Inferring the relative abundance of RNA molecules from RNA sequencing data
Lernziele Students learn about the basic problem domain of bioinformatics as well as a wide range of algorithms for sequence analysis. They will learn about the commonly used languages of bioinformatics (mostly Python) and will implement basic bioinformatics algorithms.

 

Teilnahmebedingungen First year courses must be accomplished.
Mathematical background is needed in calculus, linear algrebra, diffential equations. Knowledge about discrete mathematics, stochastic processes and fundamental computer science algorithms is a plus.
Basic programming skills and basic understanding in physics, chemistry and molecular biology (cells, DNA, RNA, proteins, etc.) is necessary.
Unterrichtssprache Englisch
Weblink https://adam.unibas.ch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall wöchentlich
Datum 21.02.2019 – 23.05.2019
Zeit Donnerstag, 13.15-15.00 Biozentrum, Hörsaal 103
Datum Zeit Raum
Donnerstag 21.02.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 28.02.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 07.03.2019 13.15-15.00 Uhr Pharmazentrum, Computerraum Mango
Donnerstag 07.03.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 14.03.2019 13.15-15.00 Uhr Fasnachtsferien
Donnerstag 21.03.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 28.03.2019 13.15-15.00 Uhr Pharmazentrum, Computerraum Mango
Donnerstag 28.03.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 04.04.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 11.04.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 18.04.2019 13.15-15.00 Uhr Ostern
Donnerstag 25.04.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 02.05.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 09.05.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 16.05.2019 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 23.05.2019 13.15-15.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Module Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie)
Modul: Applications and Related Topics (Bachelorstudium: Computer Science)
Modul: Computational Biology (Bachelorstudium: Computational Sciences) (Pflicht)
Modul: Computational Chemistry (Bachelorstudium: Computational Sciences)
Modul: Computational Physics (Bachelorstudium: Computational Sciences)
Modul: Computational Sciences II (Bachelorstudium: Computational Sciences)
Vertiefungsmodul: Bioinformatik (Bachelorstudium: Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2010)) (Pflicht)
Vertiefungsmodul: Computational Intelligence (Bachelorstudium: Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2016))
Vertiefungsmodul: Computer Science (Bachelorstudium: Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2010))
Vertiefungsmodul: Life Science-Informatik (Bachelorstudium: Informatik (Studienbeginn vor 01.08.2016))
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Written exam and exercises
Exam: Monday, 27.5.2019, 13:00–14:00h; Lounge, Klingelbergstrasse 61, room 1301, floor E13
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala 1-6 0,5
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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