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45038-01 - Vorlesung mit Übungen: Introduction to R/Bioconductor (2 KP)
| Semester | Herbstsemester 2016 |
| Angebotsmuster | Jedes Herbstsemester |
| Dozierende |
Sarah Carl (sarah.carl@unibas.ch)
Florian Geier (florian.geier@unibas.ch) Robert Ivanek (robert.ivanek@unibas.ch, BeurteilerIn) Helene Pascale Royo (helenepascale.royo@unibas.ch) Michael Stadler (michael.stadler@unibas.ch) |
| Inhalt | The R/Bioconductor framework is the most widely used analysis tool for sequence based bioinformatics. The lecture gives an overview of typical Bioconductor based analysis pipelines including: - Microarray and NGS data processing - Differential gene expression analysis - Working with sequence and annotation packages - Programmatic access to public databases - Visualization of genomic data Each lecture is organized around one analysis question using publicly available data. It consist of 1 hour lecture and 1 hour hands on practical. Participants should bring along their laptops. Basic R knowledge is of an advantage. |
| Unterrichtssprache | Englisch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
|---|
Keine Einzeltermine verfügbar, bitte informieren Sie sich direkt bei den Dozierenden.
| Module |
Cycle E: Computational and Systems Biology (Master Molekularbiologie) Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach: Biochemie) Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach: Biophysik) Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach: Computational Biology) Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach: Genetik) Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Mikrobiologie) Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Molekularbiologie) Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Neurobiologie) Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Pharmakologie) Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Strukturbiologie) Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Zellbiologie) |
| Prüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| An-/Abmeldung zur Prüfung | Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | Pass / Fail |
| Belegen bei Nichtbestehen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Departement Biozentrum |