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43513-01 - Praktikum: Programming for Life Sciences 4 KP

Semester Herbstsemester 2019
Angebotsmuster Jedes Herbstsemester
Dozierende Geoffrey Fucile (geoffrey.fucile@unibas.ch)
Torsten Schwede (torsten.schwede@unibas.ch)
Mihaela Zavolan (mihaela.zavolan@unibas.ch, BeurteilerIn)
Inhalt Together with new measurement technologies, the use of computational and mathematical approaches that exploit modern information technology in the study of biological systems have brought about a deep transformation in the practice of molecular biology research. To take advantage of the new opportunities, the new generation of biologists should be highly competent not only in their experimental work but also in the development and use of mathematical and computational methods. This course aims to train the students into the proficient use of programming in analyzing data derived from projects in life sciences. The course is focused on the widely used Python programming language, with a few examples from other commonly used languages such as R and Matlab.
Lernziele By the end of the course, students should be comfortable with accessing and analyzing a wide variety of biological data. Concepts such as reproducibility, modularity, interoperability, and scalability will be emphasised.
Bemerkungen Course registration is limited to 15 students. In the case of over-subscription to the course, selection will be based on the suitability of participants.
Weblink Graduate Teaching Program

 

Teilnahmebedingungen Basic knowledge of computing systems, programming languages and algorithms are required. The course is focused on the widely used Python programming language in a UNIX context. Students should be comfortable with the material covered in basic tutorials in these languages, for example:

https://edu.isb-sib.ch/course/view.php?name=UNIX_I
http://learnpython.org/
https://www.codecademy.com/learn/python

Students will require a sciCORE account, which can be requested with an email to scicore-admin@unibas.ch (please indicate the PI of your lab group).
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall wöchentlich
Datum 18.09.2019 – 18.12.2019
Zeit Mittwoch, 10.15-12.00 Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Datum Zeit Raum
Mittwoch 18.09.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 25.09.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 02.10.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 09.10.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 16.10.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 23.10.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 30.10.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 06.11.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 13.11.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 20.11.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 27.11.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 04.12.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 11.12.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Mittwoch 18.12.2019 10.15-12.00 Uhr Klingelbergstrasse 61 LZM, KLB61 Lounge
Module Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie)
Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach Biochemie)
Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach Biophysik)
Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach Computational Biology)
Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach Genetik)
Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Mikrobiologie)
Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Molekularbiologie)
Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Neurobiologie)
Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach Pharmakologie)
Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Strukturbiologie)
Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Zellbiologie)
Vertiefungsfächer Theorie und Vertiefungsfächer Biologie (Masterstudium: Computational Biology and Bioinformatics)
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Students must attend at least 80% of the sessions and actively contribute to discussion. Each student will develop, execute, and report the results of an independent project related to the computational methods discussed during the course. Ideally, students will develop their independent project around data from their own research.
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala Pass / Fail
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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