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27247-01 - Vorlesung: Computational Biology II: Sequence Modeling and Analysis 4 KP

Semester Frühjahrsemester 2020
Angebotsmuster Jedes Frühjahrsem.
Dozierende Mihaela Zavolan (mihaela.zavolan@unibas.ch, BeurteilerIn)
Inhalt This course will introduce students to fundamental problems in Bioinformatics/Computational Biology such as:
- Evolution: Mathematical models for the evolution of DNA sequences.
- Alignment and Phylogeny reconstruction: inferring evolutionary relationships between sequences.
- Functional annotation: Finding genes and regulatory sequences in fully sequenced genomes.
- Families of coding sequences: Hidden Markov models of protein domains
- Gene expression networks: Inferring regulatory factors driving gene expression.
Students should have a good understanding of calculus, linear algebra, combinatorics and algorithms and should be familiar with concepts of molecular biology.
Lernziele Students learn about the basic problem domain of bioinformatics as well as a wide range of algorithms for sequence analysis. They will learn about the commonly used languages of bioinformatics (mostly Python) and will implement basic bioinformatics algorithms.
Weblink https://adam.unibas.ch

 

Teilnahmebedingungen First year courses must be accomplished.
Mathematical background is needed in calculus, linear algrebra, diffential equations. Knowledge about discrete mathematics, stochastic processes and fundamental computer science algorithms is a plus.
Basic programming skills and basic understanding in physics, chemistry and molecular biology (cells, DNA, RNA, proteins, etc.) is necessary.
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall wöchentlich
Datum 20.02.2020 – 28.05.2020
Zeit Donnerstag, 13.15-15.00 Biozentrum, Hörsaal 103
Datum Zeit Raum
Donnerstag 20.02.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 27.02.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 05.03.2020 13.15-15.00 Uhr Fasnachtsferien
Donnerstag 12.03.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 19.03.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 26.03.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 02.04.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 09.04.2020 13.15-15.00 Uhr Ostern
Donnerstag 16.04.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 23.04.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 30.04.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 07.05.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 14.05.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Donnerstag 21.05.2020 13.15-15.00 Uhr Auffahrt
Donnerstag 28.05.2020 13.15-15.00 Uhr Biozentrum, Hörsaal 103
Module Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie)
Modul: Applications and Related Topics (Bachelorstudium: Computer Science)
Modul: Computational Biology (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018)) (Pflicht)
Modul: Computational Biology (Bachelorstudium: Computational Sciences)
Modul: Computational Chemistry (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018))
Modul: Computational Physics (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018))
Modul: Computational Sciences II (Bachelorstudium: Computational Sciences)
Modul: Computational Sciences II (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018))
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Written exam and exercises
Exam: Monday, 27.5.2019, 13:00–14:00h; Lounge, Klingelbergstrasse 61, room 1301, floor E13
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala 1-6 0,5
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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