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45038-01 - Vorlesung mit Übungen: Analysis of genomics data with R/Bioconductor (2 KP)

Semester Frühjahrsemester 2020
Angebotsmuster Jedes Frühjahrsem.
Dozierende Florian Geier (florian.geier@unibas.ch)
Robert Ivanek (robert.ivanek@unibas.ch, BeurteilerIn)
Panagiotis Papasaikas (panagiotis.papasaikas@unibas.ch)
Julien Roux (julien.roux@unibas.ch)
Atul Sethi (atul.sethi@unibas.ch)
Jenny Charlotte Soneson (jennycharlotte.soneson@unibas.ch)
Michael Stadler (michael.stadler@unibas.ch)
Inhalt The R/Bioconductor framework is the most widely used analysis tool for sequence-based bioinformatics. The lecture gives an overview of typical Bioconductor based analysis pipelines including:
− NGS data processing (RNAseq, single-cell RNAseq, ATACseq, ChIPseq), with focus on differential expression
analysis.
− Working with sequence and annotation packages
− Programmatic access to public databases
− Visualization of genomic data
Each lecture is organized around one analysis question using publicly available data. It consists of 1-hour lecture and 1 hour hands on practical. Participants should bring along their laptops. Basic R knowledge is of an advantage.
Bemerkungen Each session consists of 1 hour lecture and 1 hour computer exercise.
Participants should bring along their laptops.
Weblink Graduate Teaching Program

 

Teilnahmevoraussetzungen Maximal number of participants: 40. Prerequisite: Successful participation in the course “Introduction to R (48662-01)” or comparable knowledge of R.

Those who are not registered in MOnA (i.e. PostDocs) please send an email to robert.ivanek@unibas.ch directly to apply for the course.
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall Wochentag Zeit Raum

Keine Einzeltermine verfügbar, bitte informieren Sie sich direkt bei den Dozierenden.

Module Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie)
Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach: Biochemie)
Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach: Biophysik)
Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach: Computational Biology)
Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach: Genetik)
Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Mikrobiologie)
Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Molekularbiologie)
Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Neurobiologie)
Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Pharmakologie)
Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Strukturbiologie)
Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Zellbiologie)
Prüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Prüfung There are two grades, in the middle and at the end of the lecture series. No retest.
It is required to achieve at least 50% of points overall in order to get the credit points.
An-/Abmeldung zur Prüfung Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala Pass / Fail
Belegen bei Nichtbestehen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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