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| Semester | Frühjahrsemester 2020 |
| Angebotsmuster | Jedes Frühjahrsem. |
| Dozierende |
Florian Geier (florian.geier@unibas.ch)
Robert Ivanek (robert.ivanek@unibas.ch, BeurteilerIn) Panagiotis Papasaikas (panagiotis.papasaikas@unibas.ch) Julien Roux (julien.roux@unibas.ch) Atul Sethi (atul.sethi@unibas.ch) Jenny Charlotte Soneson (jennycharlotte.soneson@unibas.ch) Michael Stadler (michael.stadler@unibas.ch) |
| Inhalt | The R/Bioconductor framework is the most widely used analysis tool for sequence-based bioinformatics. The lecture gives an overview of typical Bioconductor based analysis pipelines including: − NGS data processing (RNAseq, single-cell RNAseq, ChIPseq), with focus on differential expression analysis. − Working with sequence and annotation packages − Programmatic access to public databases − Visualization of genomic data Each lecture is organized around one analysis question using publicly available data. It consists of 1-hour lecture and 1 hour hands on practical. Participants should bring along their laptops. Basic R knowledge is of an advantage. |
| Bemerkungen | Each session consists of 1 hour lecture and 1 hour computer exercise. Participants should bring along their laptops. |
| Weblink | Graduate Teaching Program |
| Teilnahmebedingungen | Maximal number of participants: 40. Prerequisite: Successful participation in the course “Introduction to R (48662-01)” or comparable knowledge of R. Those who are not registered in MOnA (i.e. PostDocs) please send an email to robert.ivanek@unibas.ch directly to apply for the course. |
| Unterrichtssprache | Englisch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| Intervall | wöchentlich |
| Datum | 19.02.2020 – 27.05.2020 |
| Zeit |
Mittwoch, 14.15-16.00 Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Datum | Zeit | Raum |
|---|---|---|
| Mittwoch 19.02.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 26.02.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 04.03.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Fasnachtsferien |
| Mittwoch 11.03.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 18.03.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 25.03.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 01.04.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 08.04.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 15.04.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 22.04.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 29.04.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 06.05.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 13.05.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 20.05.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Mittwoch 27.05.2020 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum 104 |
| Module |
Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie) Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach Biochemie) Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach Biophysik) Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach Computational Biology) Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach Genetik) Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Mikrobiologie) Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Molekularbiologie) Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Neurobiologie) Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach Pharmakologie) Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Strukturbiologie) Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Zellbiologie) |
| Leistungsüberprüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| Hinweise zur Leistungsüberprüfung | There are two grades, in the middle and at the end of the lecture series. No retest. It is required to achieve at least 50% of points in both exams in order to get the credit points. |
| An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung | An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | Pass / Fail |
| Wiederholtes Belegen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Departement Biozentrum |