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27247-01 - Vorlesung: Computational Biology II: Sequence Modeling and Analysis 4 KP

Semester Frühjahrsemester 2021
Angebotsmuster Jedes Frühjahrsem.
Dozierende Mihaela Zavolan (mihaela.zavolan@unibas.ch, BeurteilerIn)
Inhalt This course will introduce students to fundamental problems in Bioinformatics/Computational Biology such as:
- Evolution: Mathematical models for the evolution of DNA sequences.
- Alignment and Phylogeny reconstruction: inferring evolutionary relationships between sequences.
- Functional annotation: Finding genes and regulatory sequences in fully sequenced genomes.
- Families of coding sequences: Hidden Markov models of protein domains
- Gene expression networks: Inferring regulatory factors driving gene expression.
Students should have a good understanding of calculus, linear algebra, combinatorics and algorithms and should be familiar with concepts of molecular biology.
Lernziele Students learn about the basic problem domain of bioinformatics as well as a wide range of algorithms for sequence analysis. They will learn about the commonly used languages of bioinformatics (mostly Python) and will implement basic bioinformatics algorithms.
Bemerkungen online lecture and exercise
Weblink https://adam.unibas.ch

 

Teilnahmebedingungen First year courses must be accomplished.
Mathematical background is needed in calculus, linear algrebra, diffential equations. Knowledge about discrete mathematics, stochastic processes and fundamental computer science algorithms is a plus.
Basic programming skills and basic understanding in physics, chemistry and molecular biology (cells, DNA, RNA, proteins, etc.) is necessary.
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall wöchentlich
Datum 04.03.2021 – 03.06.2021
Zeit Donnerstag, 13.15-15.00 - Online Präsenz -
Datum Zeit Raum
Donnerstag 04.03.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 11.03.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 18.03.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 25.03.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 01.04.2021 13.15-15.00 Uhr Ostern
Donnerstag 08.04.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 15.04.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 22.04.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 29.04.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 06.05.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 13.05.2021 13.15-15.00 Uhr Auffahrt
Donnerstag 20.05.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 27.05.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Donnerstag 03.06.2021 13.15-15.00 Uhr - Online Präsenz -, --
Module Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie)
Modul: Applications and Related Topics (Bachelorstudium: Computer Science)
Modul: Computational Biology (Bachelorstudium: Computational Sciences)
Modul: Computational Biology (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018)) (Pflicht)
Modul: Computational Chemistry (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018))
Modul: Computational Physics (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018))
Modul: Computational Sciences II (Bachelorstudium: Computational Sciences)
Modul: Computational Sciences II (Bachelorstudium: Computational Sciences (Studienbeginn vor 01.08.2018))
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Oral online exam and exercises
Exam: Monday, 07.06.2021, 1:15-3 pm
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala 1-6 0,5
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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