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45249-01 - Vorlesung mit Übungen: Introduction to Python Programming for Structural & Quantitative Biology and Image Processing (1 KP)
| Semester | Herbstsemester 2022 |
| Angebotsmuster | Jedes Herbstsemester |
| Dozierende |
Timm Maier (timm.maier@unibas.ch, BeurteilerIn)
Adam Mazur (adam.mazur@unibas.ch) Michael Podvinec (michael.podvinec@unibas.ch) |
| Inhalt | Day 1: Analysis of structural and biophysical data with Python. Numerical Python modules: NumPy, SciPy, Pandas. Data visualization: Matplotlib Day 2: Working with protein structures and sequences: Biopython, OpenStructure and PyMOL Day 3: Practical session, ideally with application to participants' research projects The course will cover the essentials of practical Python programming for structural biology. It is designed for PhD and MSc students who already have basic knowledge in Python programming and would like to learn how to enhance their skills to solve realistic cases in the field of structural biology. The focus will be put on acquiring practical knowledge about Python modules relevant to structural biology, numerical analysis and visualization. The course days consist of an introductory presentation on the basic concepts and best practices, followed by practical exercises, during which participants can apply the acquired skills. |
| Bemerkungen | The course is fully booked. |
| Weblink | Graduate Teaching Program |
| Teilnahmevoraussetzungen | Prerequisites: basic experience in Python programming (e.g. course E7: Programming for Life Sciences 43513). The course must be fully attended, otherwise the CPs can not be awarded. PhD students only. |
| Anmeldung zur Lehrveranstaltung | Please register via: phd-biozentrum@unibas.ch. The course is fully booked. |
| Unterrichtssprache | Englisch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
|---|---|---|---|
| Block | Siehe Einzeltermine | ||
| Bemerkungen | The course will be held in January 2023 on 3 consecutive days. The dates will be fixed and communicated after closing of the registration period. |
Einzeltermine
| Datum | Zeit | Raum |
|---|---|---|
| Mittwoch 11.01.2023 | 09.00-17.00 Uhr | Biozentrum, Computerraum Kiwi 02.067 |
| Donnerstag 12.01.2023 | 09.00-17.00 Uhr | Biozentrum, Computerraum Kiwi 02.067 |
| Freitag 13.01.2023 | 09.00-17.00 Uhr | Biozentrum, Computerraum Kiwi 02.067 |
| Module |
Cycle I: Practical and Experimental Skills (Masterstudium: Molekularbiologie) Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach: Biochemie) Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach: Biophysik) Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach: Computational Biology) Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach: Genetik) Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Mikrobiologie) Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Molekularbiologie) Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Neurobiologie) Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Pharmakologie) Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Strukturbiologie) Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Zellbiologie) Modul: Vertiefung Molekularbiologie (Masterstudium: Nanowissenschaften) |
| Prüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| Hinweise zur Prüfung | Detailed information on ADAM workspace. https://adam.unibas.ch/login.php. |
| An-/Abmeldung zur Prüfung | Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | Pass / Fail |
| Belegen bei Nichtbestehen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Departement Biozentrum |