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45249-01 - Vorlesung mit Übungen: Introduction to Python Programming for Structural & Quantitative Biology and Image Processing 1 KP

Semester Herbstsemester 2022
Angebotsmuster Jedes Herbstsemester
Dozierende Timm Maier (timm.maier@unibas.ch, BeurteilerIn)
Adam Mazur (adam.mazur@unibas.ch)
Michael Podvinec (michael.podvinec@unibas.ch)
Inhalt Day 1: Analysis of structural and biophysical data with Python. Numerical Python modules: NumPy, SciPy, Pandas.
Data visualization: Matplotlib
Day 2: Working with protein structures and sequences: Biopython, OpenStructure and PyMOL
Day 3: Practical session, ideally with application to participants' research projects

The course will cover the essentials of practical Python programming for structural biology. It is designed for PhD and MSc students who already have basic knowledge in Python programming and would like to learn how to enhance their skills to solve realistic cases in the field of structural biology. The focus will be put on acquiring practical knowledge about Python modules relevant to structural biology, numerical analysis and visualization. The course days consist of an introductory presentation on the basic concepts and best practices, followed by practical exercises, during which participants can apply the acquired skills.
Bemerkungen The course is fully booked.
Weblink Graduate Teaching Program

 

Teilnahmebedingungen Prerequisites: basic experience in Python programming (e.g. course E7: Programming for Life Sciences 43513). The course must be fully attended, otherwise the CPs can not be awarded. PhD students only.
Anmeldung zur Lehrveranstaltung Please register via: phd-biozentrum@unibas.ch.
The course is fully booked.
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall Block
Datum 11.01.2023 – 13.01.2023
Zeit Siehe Detailangaben

The course will be held in January 2023 on 3 consecutive days. The dates will be fixed and communicated after closing of the registration period.

Datum Zeit Raum
Mittwoch 11.01.2023 09.00-17.00 Uhr Biozentrum, Computerraum Kiwi 02.067
Donnerstag 12.01.2023 09.00-17.00 Uhr Biozentrum, Computerraum Kiwi 02.067
Freitag 13.01.2023 09.00-17.00 Uhr Biozentrum, Computerraum Kiwi 02.067
Module Cycle I: Practical and Experimental Skills (Masterstudium: Molekularbiologie)
Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach Biochemie)
Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach Biophysik)
Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach Computational Biology)
Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach Genetik)
Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Mikrobiologie)
Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Molekularbiologie)
Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Neurobiologie)
Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach Pharmakologie)
Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Strukturbiologie)
Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Zellbiologie)
Modul: Vertiefung Molekularbiologie (Masterstudium: Nanowissenschaften)
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Detailed information on ADAM workspace. https://adam.unibas.ch/login.php.
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala Pass / Fail
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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