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45401-01 - Vorlesung: Bioinformatics Algorithms 4 KP

Semester Herbstsemester 2022
Angebotsmuster Jedes Herbstsemester
Dozierende Volker Roth (volker.roth@unibas.ch, BeurteilerIn)
Inhalt In this lecture, an introduction into main bioinformatics algorithms is provided. We will discuss both "classical" topics such as Hidden Markov Models, Markov chains, phylogenetic trees and "modern" approaches based on sophisticated (deep) learning models.
Lernziele This lecture provides an introduction into algorithms and concepts that are important in computational biology / bioinformatics. Students can understand the main algorithmic design principles for problems like sequence alignment, motif finding and phylogenetic inference. Further, students get an overview of modern machine learning methods and their applications to bio-medical problems.
Literatur R. Durbin: Biological sequence analysis
Aaron C. Courville, Ian Goodfellow und Yoshua Bengio: Deep Learning
Weblink link to course web page

 

Teilnahmebedingungen Mathematische Methoden I
Mathematische Methoden II
Einführung in die Statistik
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz
HörerInnen willkommen

 

Intervall wöchentlich
Datum 22.09.2022 – 22.12.2022
Zeit Donnerstag, 14.15-16.00 Biozentrum, Seminarraum U1.197
Datum Zeit Raum
Donnerstag 22.09.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 29.09.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 06.10.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 13.10.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 20.10.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 27.10.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 03.11.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 10.11.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 17.11.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 24.11.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.193
Donnerstag 01.12.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 08.12.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 15.12.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Donnerstag 22.12.2022 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Module Doktorat Informatik: Empfehlungen (Promotionsfach Informatik)
Kernfächer und Seminar (Masterstudium: Computational Biology and Bioinformatics)
Modul: Applications of Distributed Systems (Masterstudium: Computer Science)
Modul: Applications of Machine Intelligence (Masterstudium: Computer Science)
Modul: Concepts of Machine Intelligence (Master Studienfach Computer Science)
Modul: Electives in Data Science (Masterstudium: Data Science)
Modul: Machine Learning Foundations (Masterstudium: Data Science)
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung Oral exam: in order to participate, you need to hand in at least 70% of all exercise sheets.
Expected exam Dates: 11/12 January 2023, room 00.003, Spiegelgasse 1 (several options, details will be announced in the lecture).
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala 1-6 0,5
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Fachbereich Informatik

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