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45038-01 - Vorlesung mit Übungen: Analysis of Genomics Data with R/Bioconductor 2 KP

Semester Frühjahrsemester 2023
Angebotsmuster Jedes Frühjahrsem.
Dozierende Florian Geier (florian.geier@unibas.ch)
Robert Ivanek (robert.ivanek@unibas.ch, BeurteilerIn)
Panagiotis Papasaikas (panagiotis.papasaikas@unibas.ch)
Julien Roux (julien.roux@unibas.ch)
Jenny Charlotte Soneson (jennycharlotte.soneson@unibas.ch)
Michael Stadler (michael.stadler@unibas.ch)
Inhalt The R/Bioconductor framework is the most widely used analysis tool for sequence-based bioinformatics. The lecture gives an overview of typical Bioconductor based analysis pipelines including:
− NGS data processing (RNAseq, single-cell RNAseq, ATACseq, ChIPseq), with focus on differential expression
analysis.
− Working with sequence and annotation packages
− Programmatic access to public databases
− Visualization of genomic data
Each lecture is organized around one analysis question using publicly available data. It consists of 1-hour lecture and 1 hour hands on practical. Participants should bring along their laptops. Basic R knowledge is of an advantage.
Bemerkungen Each session consists of 1 hour lecture and 1 hour computer exercise.
Participants should bring along their laptops.
Weblink Graduate Teaching Program

 

Teilnahmebedingungen Maximal number of participants: 40. Prerequisite: Successful participation in the course “Introduction to R (48662-01)” or comparable knowledge of R.

Those who are not registered in MOnA (i.e. PostDocs) please send an email to robert.ivanek@unibas.ch directly to apply for the course.
Unterrichtssprache Englisch
Einsatz digitaler Medien kein spezifischer Einsatz

 

Intervall wöchentlich
Datum 22.02.2023 – 31.05.2023
Zeit Mittwoch, 14.15-16.00 Biozentrum, Seminarraum U1.197
Datum Zeit Raum
Mittwoch 22.02.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 01.03.2023 14.15-16.00 Uhr Fasnachstferien
Mittwoch 08.03.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 15.03.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 22.03.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 29.03.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 05.04.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 12.04.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 19.04.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 26.04.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 03.05.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 10.05.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 17.05.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 24.05.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Mittwoch 31.05.2023 14.15-16.00 Uhr Biozentrum, Seminarraum U1.197
Module Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie)
Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach Biochemie)
Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach Biophysik)
Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach Computational Biology)
Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach Genetik)
Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Mikrobiologie)
Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Molekularbiologie)
Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Neurobiologie)
Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach Pharmakologie)
Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Strukturbiologie)
Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach Zellbiologie)
Leistungsüberprüfung Lehrveranst.-begleitend
Hinweise zur Leistungsüberprüfung There are two grades, in the middle and at the end of the lecture series. No retest.
It is required to achieve at least 50% of points overall in order to get the credit points.
An-/Abmeldung zur Leistungsüberprüfung An-/Abmelden: Belegen resp. Stornieren der Belegung via MOnA
Wiederholungsprüfung keine Wiederholungsprüfung
Skala Pass / Fail
Wiederholtes Belegen beliebig wiederholbar
Zuständige Fakultät Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch
Anbietende Organisationseinheit Departement Biozentrum

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