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45038-01 - Vorlesung mit Übungen: Analysis of Genomics Data with R/Bioconductor (2 KP)
| Semester | Frühjahrsemester 2025 |
| Angebotsmuster | Jedes Frühjahrsem. |
| Dozierende |
Florian Geier (florian.geier@unibas.ch)
Robert Ivanek (robert.ivanek@unibas.ch, BeurteilerIn) Michal Kloc (michal.kloc@unibas.ch) Panagiotis Papasaikas (panagiotis.papasaikas@unibas.ch) Julien Roux (julien.roux@unibas.ch) Jenny Charlotte Soneson (jennycharlotte.soneson@unibas.ch) Michael Stadler (michael.stadler@unibas.ch) |
| Inhalt | The R/Bioconductor framework is the most widely used analysis tool for sequence-based bioinformatics. The lecture gives an overview of typical Bioconductor based analysis pipelines including: − NGS data processing (RNAseq, single-cell RNAseq, ATACseq, ChIPseq), with focus on differential expression analysis. − Working with sequence and annotation packages − Programmatic access to public databases − Visualization of genomic data Each lecture is organized around one analysis question using publicly available data. It consists of 1-hour lecture and 1 hour hands on practical. Participants should bring along their laptops. Basic R knowledge is of an advantage. |
| Bemerkungen | Each session consists of 1 hour lecture and 1 hour computer exercise. Participants should bring along their laptops. |
| Weblink | Graduate Teaching Program |
| Teilnahmevoraussetzungen | Maximal number of participants: 40. Prerequisite: Successful participation in the course “Introduction to R (48662-01)” or comparable knowledge of R. Those who are not registered in MOnA (i.e. PostDocs) please send an email to robert.ivanek@unibas.ch directly to apply for the course. |
| Unterrichtssprache | Englisch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
|---|---|---|---|
| wöchentlich | Mittwoch | 14.15-16.00 | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
Einzeltermine
| Datum | Zeit | Raum |
|---|---|---|
| Mittwoch 19.02.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 26.02.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 05.03.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 12.03.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Fasnachstferien |
| Mittwoch 19.03.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 26.03.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 02.04.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 09.04.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 16.04.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 23.04.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 30.04.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 07.05.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 14.05.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 21.05.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Mittwoch 28.05.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.191 |
| Module |
Cycle E: Computational and Systems Biology (Masterstudium: Molekularbiologie) Doktorat Biochemie: Empfehlungen (Promotionsfach: Biochemie) Doktorat Biophysik: Empfehlungen (Promotionsfach: Biophysik) Doktorat Computational Biology: Empfehlungen (Promotionsfach: Computational Biology) Doktorat Genetik: Empfehlungen (Promotionsfach: Genetik) Doktorat Mikrobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Mikrobiologie) Doktorat Molekularbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Molekularbiologie) Doktorat Neurobiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Neurobiologie) Doktorat Pharmakologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Pharmakologie) Doktorat Strukturbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Strukturbiologie) Doktorat Zellbiologie: Empfehlungen (Promotionsfach: Zellbiologie) |
| Prüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| Hinweise zur Prüfung | There are two grades, in the middle and at the end of the lecture series. No retest. It is required to achieve at least 50% of points overall in order to get the credit points. |
| An-/Abmeldung zur Prüfung | Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | Pass / Fail |
| Belegen bei Nichtbestehen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Departement Biozentrum |