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68795-02 - Praktikum: Experimental Molecular Biology (12 KP)
| Semester | Frühjahrsemester 2025 |
| Angebotsmuster | Jahreskurs, beginnt im Herbstsemester |
| Dozierende |
Dominik Buser (dominik-pascal.buser@unibas.ch, BeurteilerIn)
Alexander Schier (alex.schier@unibas.ch) |
| Inhalt | • Repetition of acquired skills in "Experimental Molecular Biology (68795-01)" • Bacterial protein expression: IPTG induction and IMAC • Molecular cloning: CRISPR/DNA plasmid isolation/purification and Sanger sequencing • Mammalian cell culture: Culturing; Splitting; Counting and Seeding cells; Plasmid transfection; Protein expression; Cell lysis • Protein analysis: Protein concentration determination; Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE); Western Blotting; Enhanced chemiluminescence (ECL); Coomassie staining • Organelle purification • Protein pulldown analysis • AP-MS/Proteomics: Theory and practice of mass spectrometry and proteomics; Pulldown with streptavidin beads; Reduction and tryptic digestion; Peptide purification and desalting; Preparation of samples for MS loading • Preparation and presentation of collected data • Reading, presenting, and understanding scientific articles • Experimental design • Troubleshooting |
| Lernziele | Aim of the "Experimental Molecular Biology (EMB)" course is to train Biology students for the gradual transition from a student to a scientist, including training technical as well as scientific/intellectual skills. By combining these skills, students will dissect the function, localization, and interaction network of a protein of interest. Technical skills include essential lab skills, starting with pipetting, making buffers, cloning, protein expression in mammalian cell culture, standard biochemical techniques, as well as more advanced techniques such as microscopy and proteomics. Scientific/intellectual skills comprise sharpening student’s mindset in planning and interpreting experiments, as well as reading, presenting, and discussing literature and scientific articles. |
| Literatur | Lectures, protocols, other information, and the agenda will be provided using an internal platform and on ADAM (https://adam.unibas.ch). |
| Bemerkungen | Pregnant and nursing mothers should inform the assessor of the course at least two weeks prior to EMB course start. Students must have an accident insurance. Students requiring adaptive measures due to a handicap or chronic disorder should inform the assessor after registration. The “StoB (Studieren ohne Barrieren)” service center is available for your needs and assistance. In case of sickness, inform the assessor by mail with a letter of absence including a sick note (attest). For introduction into proteomics, we will host Dr. Alex Schmidt and the Proteomics Core Facility. In addition, for a literature search seminar, we will host PD Dr. Christian Appenzeller-Herzog and Dr. Nuria Plattner. During the weeks with the Proteomics Core Facility, there will be irregular plan during Week 11-13, May 6-9, 13-16, and 20-23. The exact plan will be communicated the first day of your class in FS2025. |
| Teilnahmevoraussetzungen | This course can be only attended if the "Experimental Molecular Biology (68795-01)" was completed (during fall semesters). |
| Anmeldung zur Lehrveranstaltung | EMB course (68795-02) can be only attended if the former course (68795-01) has been completed. |
| Unterrichtssprache | Englisch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
|---|---|---|---|
| wöchentlich | Dienstag | 13.15-18.00 | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| wöchentlich | Mittwoch | 13.15-18.00 | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| wöchentlich | Donnerstag | 13.15-18.00 | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| wöchentlich | Freitag | 13.15-18.00 | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Bemerkungen |
Two afternoons per week (Tuesday and Wednesday or Thursday and Friday). Rooms and additional information will be announced on our internal course website. |
Einzeltermine
| Datum | Zeit | Raum |
|---|---|---|
| Dienstag 18.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 19.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 20.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 21.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 25.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 26.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 27.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 28.02.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 04.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 05.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 06.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 07.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 11.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Fasnachstferien |
| Mittwoch 12.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Fasnachstferien |
| Mittwoch 12.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Fasnachstferien |
| Donnerstag 13.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Fasnachstferien |
| Freitag 14.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Fasnachstferien |
| Freitag 14.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Fasnachstferien |
| Dienstag 18.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 19.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 20.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 21.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 25.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 26.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 27.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 28.03.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 01.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 02.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 03.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 04.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 08.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 09.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 10.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 11.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 15.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 16.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 17.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Ostern |
| Freitag 18.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Ostern |
| Freitag 18.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Ostern |
| Dienstag 22.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 23.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 24.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 25.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 29.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 30.04.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 01.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Tag der Arbeit |
| Freitag 02.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 06.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 07.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 08.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 09.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 13.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 14.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 15.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 16.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 20.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 21.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Donnerstag 22.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Freitag 23.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Dienstag 27.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Mittwoch 28.05.2025 | 13.15-18.00 Uhr | Biozentrum, Praktikumslabor klein 02.029 |
| Module |
Modul: Computational Biology (Bachelorstudium: Computational Sciences) Modul: Molekularbiologie (Bachelorstudium: Biologie) |
| Prüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| Hinweise zur Prüfung | To pass "Experimental Molecular Biology (68795-02)", the following points are required: • Attendance of class • Writing and documenting experiments in a lab journal on a defined basis • Active participation in the lab and in class • Preparation and presentation of literature (Journal Club) and research seminars • Leading good laboratory practice "Experimental Molecular Biology (68795-02)" can be only attended after completion of "Experimental Molecular Biology (68795-01)". |
| An-/Abmeldung zur Prüfung | Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | Pass / Fail |
| Belegen bei Nichtbestehen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Departement Biozentrum |