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45401-01 - Vorlesung: Bioinformatics Algorithms (4 KP)
| Semester | Herbstsemester 2025 |
| Weitere Semesterveranstaltungen zu diesen KP |
45401-01 (Vorlesung) 45401-02 (Übung) |
| Angebotsmuster | Jedes Herbstsemester |
| Dozierende | Volker Roth (volker.roth@unibas.ch, BeurteilerIn) |
| Inhalt | In this lecture, an introduction into main bioinformatics algorithms is provided. We will discuss both "classical" topics such as Hidden Markov Models, Markov chains, phylogenetic trees and "modern" approaches based on sophisticated (deep) learning models. |
| Lernziele | This lecture provides an introduction into algorithms and concepts that are important in computational biology / bioinformatics. Students can understand the main algorithmic design principles for problems like sequence alignment, motif finding and phylogenetic inference. Further, students get an overview of modern machine learning methods and their applications to bio-medical problems. |
| Literatur | R. Durbin: Biological sequence analysis Aaron C. Courville, Ian Goodfellow und Yoshua Bengio: Deep Learning |
| Weblink | link to course web page |
| Teilnahmevoraussetzungen | Mathematische Methoden I Mathematische Methoden II Einführung in die Statistik |
| Unterrichtssprache | Deutsch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| HörerInnen willkommen |
| Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
|---|---|---|---|
| wöchentlich | Donnerstag | 14.15-16.00 | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
Einzeltermine
| Datum | Zeit | Raum |
|---|---|---|
| Donnerstag 18.09.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 25.09.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 02.10.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 09.10.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 16.10.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 23.10.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 30.10.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 06.11.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 13.11.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 20.11.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 27.11.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 04.12.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 11.12.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 18.12.2025 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Module |
Doktorat Informatik: Empfehlungen (Promotionsfach: Informatik) Kernfächer und Seminar (Masterstudium: Computational Biology and Bioinformatics) Modul: Applications of Distributed Systems (Masterstudium: Computer Science) Modul: Applications of Machine Intelligence (Masterstudium: Computer Science) Modul: Concepts of Machine Intelligence (Master Studienfach: Computer Science) Modul: Electives in Data Science (Masterstudium: Data Science) Modul: Foundations in Physics of Life (Masterstudium: Physics of Life) Modul: Machine Learning Foundations (Masterstudium: Data Science) |
| Prüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| Hinweise zur Prüfung | Oral exam: in order to participate, you need to hand in at least 70% of all exercise sheets. Expected dates: January 15/16, 2025. Room 00.003, Spiegelgasse 1 and room 05.13, Spiegelgasse 1. |
| An-/Abmeldung zur Prüfung | Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | 1-6 0,5 |
| Belegen bei Nichtbestehen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Fachbereich Informatik |