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45401-01 - Vorlesung: Bioinformatics Algorithms (4 KP)
| Semester | Herbstsemester 2026 |
| Angebotsmuster | Jedes Herbstsemester |
| Dozierende | Volker Roth (volker.roth@unibas.ch, BeurteilerIn) |
| Inhalt | In this lecture, an introduction into main bioinformatics algorithms is provided. We will discuss both "classical" topics such as Hidden Markov Models, Markov chains, phylogenetic trees and "modern" approaches based on sophisticated (deep) learning models. |
| Lernziele | This lecture provides an introduction into algorithms and concepts that are important in computational biology / bioinformatics. Students can understand the main algorithmic design principles for problems like sequence alignment, motif finding and phylogenetic inference. Further, students get an overview of modern machine learning methods and their applications to bio-medical problems. |
| Literatur | R. Durbin: Biological sequence analysis Aaron C. Courville, Ian Goodfellow und Yoshua Bengio: Deep Learning |
| Weblink | link to course web page |
| Teilnahmevoraussetzungen | Mathematische Methoden I Mathematische Methoden II Einführung in die Statistik |
| Unterrichtssprache | Deutsch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| HörerInnen willkommen |
| Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
|---|---|---|---|
| wöchentlich | Donnerstag | 14.15-16.00 | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
Einzeltermine
| Datum | Zeit | Raum |
|---|---|---|
| Donnerstag 17.09.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 24.09.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 01.10.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 08.10.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 15.10.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 22.10.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 29.10.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 05.11.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 12.11.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 19.11.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 26.11.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Hörsaal U1.101 |
| Donnerstag 03.12.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 10.12.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Donnerstag 17.12.2026 | 14.15-16.00 Uhr | Biozentrum, Seminarraum U1.197 |
| Module |
Doktorat Informatik: Empfehlungen (Promotionsfach: Informatik) Kernfächer und Seminar (Masterstudium: Computational Biology and Bioinformatics) Modul: Applications of Distributed Systems (Masterstudium: Computer Science (Studienbeginn vor 01.08.2026)) Modul: Applications of Machine Intelligence (Masterstudium: Computer Science (Studienbeginn vor 01.08.2026)) Modul: Concepts of Machine Intelligence (Master Studienfach: Computer Science (Studienbeginn vor 01.08.2026)) Modul: Electives in Data Science (Masterstudium: Data Science) Modul: Foundations in Physics of Life (Masterstudium: Physics of Life) Modul: Machine Intelligence (Masterstudium: Computer Science) Modul: Machine Intelligence (Master Studienfach: Computer Science) Modul: Machine Learning Foundations (Masterstudium: Data Science) |
| Prüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| Hinweise zur Prüfung | Oral exam: in order to participate, you need to hand in at least 70% of all exercise sheets. Expected dates: January 13/14, 2027. |
| An-/Abmeldung zur Prüfung | Anm.: Belegen Lehrveranstaltung; Abm.: stornieren |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | 1-6 0,5 |
| Belegen bei Nichtbestehen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Fachbereich Informatik |