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11830-01 - Vorlesung: Computational Chemistry: Atomistic Simulations of Proteins and Macromolecules (VTV) (3 KP)
| Semester | Herbstsemester 2008 |
| Angebotsmuster | Jedes Herbstsemester |
| Dozierende | Markus Meuwly (m.meuwly@unibas.ch, BeurteilerIn) |
| Inhalt | Historical overview Coordinate systems, rotations Intermolecular interactions, force fields Optimization techniques (non-gradient, gradient) and saddle points Harmonic analysis Classical dynamics Molecular dynamics (MD) simulations Monte Carlo (MC) simulations Analysis of data Application I: Protein-ligand binding Application II: Peptide and protein folding Advances topics |
| Lernziele | Verstehen des Konzeptes eines Kraftfeldes Selbständiges Durchführen einer vollständigen Molekulardynamik-Simulation |
| Literatur | Molecular Modeling, Andrew. R. Leach Computer Simulations of Liquids, Allen and Tildesley |
| Unterrichtssprache | Deutsch |
| Einsatz digitaler Medien | kein spezifischer Einsatz |
| Intervall | Wochentag | Zeit | Raum |
|---|
Keine Einzeltermine verfügbar, bitte informieren Sie sich direkt bei den Dozierenden.
| Module |
Modul Computational Chemistry (Bachelor in Computational Sciences) Modul Computational Physics (Bachelor in Computational Sciences) (Pflicht) Modul Computational Sciences II (Bachelor in Computational Sciences) Modul Vertiefungsfach Chemie (Master Nanowissenschaften) Vertiefungsmodul (Master Chemie) |
| Prüfung | Lehrveranst.-begleitend |
| Hinweise zur Prüfung | Vortrag (5 Minuten) zu einer Simulationsaufgabe Mündliche Prüfung, 30 Minuten |
| An-/Abmeldung zur Prüfung | Anmelden: Belegen; Abmelden: Dozierende |
| Wiederholungsprüfung | keine Wiederholungsprüfung |
| Skala | 1-6 0,5 |
| Belegen bei Nichtbestehen | beliebig wiederholbar |
| Zuständige Fakultät | Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, studiendekanat-philnat@unibas.ch |
| Anbietende Organisationseinheit | Departement Chemie |